ある日突然、iTunesを開いてもiPhoneがWi-Fi同期してくれない事に気づきました。（iPadは問題ありません。）復元とかいろいろやってみたのですがダメで、以下の方法で解決しました。


１．全てのiPad、iPhone、iPodを外し、iTunesを終了します。

２．Finderのメニューから「移動」→「フォルダへ移動...」を選択し「/var/db/lockdown」と入力し、移動ボタンをクリックします。


３．lockdownフォルダ内の全てのファイルをゴミ箱に入れます。


４．iPad、iPhone、iPodを一旦USBケーブルで接続し、iTunesで同期します。
　※オプションの「Wi-Fi 経由で〜 」にチェックが入ってるのを確認して下さい。





５．iPad、iPhone、iPodを外し、iTunesを再起動するとWi-Fiで同期されました。





詳しくは以下のリンクを参照下さい。
iOS：iTunes のバックアップに関する問題のトラブルシューティング


【追記】2013.2.11
上記方法でもうまくいかない場合は、iPhoneのWi-FiをOFFにした後、iTunesを起動し、その後にiPhoneのWi-FiをONにすると同期できるようです。いつになったら治るのでしょうか・・・

【追記】2013.6.6
iTunes 11.0.4で治ったような・・・